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Durant les mois qui ont précédé la crue, les pluies sont restées modestes. Peu de neige en ce début d’hiver. Les précipitations s’intensifient à partir de la fin novembre. À Paris, la Seine commence à s’élever notablement début décembre 1801. Elle envahit les quais et ports. Les premières mesures de sauvegarde sont prises par les autorités.  L’épisode le plus notable survient fin décembre-début janvier ; les eaux atteignent 7.45 m au pont de la Tournelle dans la nuit du 3 au 4 janvier. Plusieurs ponts et quais sont fragilisés. Le froid intense qui s’installe aggrave la situation. Les glaces se forment et s’accumulent à l’amont des ponts, envahissent les ports ; plusieurs bateaux sont brisés. Franchissant les berges ou remontant par les égouts, les eaux s’avancent rive droite et rive gauche, où elles atteignent en certains endroits plusieurs dizaines de centimètres de hauteur. L’élévation concomitante de la nappe phréatique noie les caves et étend encore le périmètre inondé. On regardera pour plus de détail le plan dressé à l’époque par l’ingénieur du service hydraulique, Bralle. 

La haute Seine a été aussi particulièrement affectée par l’épisode. Le centre ville de Châtillon-sur-Seine est sous les eaux, les habitants se réfugient au premier étage des immeubles. « A Troyes, la Seine est montée de 2 mètres au-dessus des eaux ordinaires, et d'un demi-mètre au-dessus des eaux d'hiver. Elle a excédé d'environ 3 à 4 cm le niveau des eaux extraordinaires de 1784. La ville a été inondée dans plusieurs quartiers; deux de ses faubourgs ont été en partie couverts d'eau ainsi que tous les environs. 400 maisons ont été inondées d'un à deux mètres de hauteur (…) On compte 8 ponts sur les routes du département dont les arches ou travées ont été emportées, non compris ceux appartenant aux communes dont un grand nombre a été détruit » (Le Moniteur, 27 nivose an X).

La ville de Melun est également durement affectée. On évacue les maisons les plus exposées. Deux s’effondrent. Les arches des ponts sont en partie obstruées pas les bois et débris. Les routes sont coupées. La ville de Montereau est cernée par les eaux de l’Yonne et de la Seine. Plusieurs maisons sont emportées à Moret. Corbeil est complètement inondée par l’Essonne, là aussi des bâtisses s’effondrent. L’Aube connaît une crue notable. Les eaux atteignent la cote 3.30 m à Bar-sur-Aube. La scène se répète dans nombre de communes.

«  Toutes les communes et hameaux situés sur les bords ou dans le voisinage des rivières de Cure, de l’Yonne, de l’Armançon principalement, ont été inondés. Plusieurs maisons sont tombées et beaucoup d’autres, minées par les eaux, sont étayées et menacent ruine ; une grande quantité de bestiaux et d’effets mobiliers ont été perdus (…) » (Le Moniteur, 7 janvier 1802). Nombre de moulins sont impactés, plusieurs routes sont submergées avec plusieurs chaussées emportées dans les environs de Joigny, St-Florentin, Coulanges, etc. « (…) Le faubourg St-Martin à Auxerre, ceux de Joigny et ceux de Sens, sur la rivière Yonne, et le village de St-Denis près de Sens, ont été particulièrement victimes de l’inondation ». A Sens, la crue est violente. « (…) Les torrents qui semblaient se multiplier de tous côtés ont renversé et presque ruiné de fond en comble cinq maisons, douze vinées et quatre granges, et en outre entrainé la chute d’un grand nombre de murs de clôture, ravagé des jardins, arraché des arbres et des vignes. L’eau est entrée dans 183 maisons où elle s’est élevée de 0,16 m jusqu’à 1,62 m (…) » (Affiches de Sens, 10 janvier 1810). Tous les abords de la rivière sont fortement impactés.

La crue du Loing est particulièrement violente. Nemours est rapidement envahie avec des hauteurs atteignant 3 m en certains endroits. Tous les fours de la ville sont noyés, le pain ne peut plus être cuit et on fait venir le ravitaillement de Fontainebleau. Les pertes en bestiaux – chevaux en particulier – et marchandises sont considérables. La plupart des communes riveraines subissent le même sort, comme Moret.

La crue est moins marquée sur la Marne. Les mesures préventives diligentées par les maires (évacuation des maisons, surveillance des ouvrages) permettent de limiter les pertes. Ce n’est pas le cas toutefois sur le Grand Morin, qui a réagi violemment. À La Ferté-Gaucher, le pont est durement atteint. Plusieurs maisons et moulins sont emportés. La rapidité et la puissance des eaux prennent tout le monde de court. 

D’une manière générale, à l’échelle du bassin de la Seine, la forte mobilisation des autorités (maires, gendarmes, préfets) a permis, malgré tout, de limiter les impacts.

Crue du 13 nivose an X (3 janvier 1802) - hauteurs moyennes des crues torrentielles des petits affluents.

Plan de l'inondation de Paris en Nivose de l'an X