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Les contemporains relèvent la grande rapidité de la montée des eaux, à mettre en lien avec les importantes averses orageuses qui frappèrent l’amont du bassin en ce mois de mai 1779.
À Troyes, « l’eau arriva avec impétuosité et inonda toute la banlieue … ; le faubourg St-Jacques et celui de la Preize furent submergés ; les digues furent rompues en plusieurs endroits (…). L’élévation maxima eut lieu le 14, vers 10h du matin. L’eau se retira ensuite et diminua jusqu’à 5h du soir. Le fleuve ne rentra complètement dans son lit qu’après le 22 mai. » (Boutiot)
À Auxerre, les eaux de l’Yonne envahissent les quartiers du pont, de la Marinerie et de l’église Saint-Pèlerin où l’on relève 15 cm sur le parvis. Emportés par le courant, plusieurs trains de bois et de nombreux détritus forment un véritable barrage au niveau du pont d’Yonne. La rivière sort alors de son lit et envahit toute la plaine. « Bientôt tout l’espace qui s’étend du pont à la montagne Saint-Gervais ne fut plus qu’un fleuve impétueux, réduisant en îles toutes les maisons de la plaine, dont plusieurs habitants ne trouvèrent de salut que sur leurs toits (…) » (Courtepée, cité par Champion). D’une manière générale, les trains de bois emportés par la rivière affectèrent nombre de ponts comme à Joigny, à Villeneuve-sur-Yonne, ou encore à Cézy où plusieurs piles furent détruites. A Sens, la Vanne, affluent rive gauche de l’Yonne, cause d’importantes pertes dans les faubourgs.
À Montargis, le Loing affouille plusieurs arches de la chaussée traversant la plaine. Les eaux y renversent une maison causant la mort d’une femme et de deux enfants. Des mesures seront prises pour améliorer l’écoulement des eaux.
Paris fut moins affectée. Les gardes berges sont néanmoins déployés dès le 14 mai. Plusieurs trains de bois et bateaux sont emportés.